تناط بالوكالة مهمة القيام بعمليات تقييم التعليم العالي والبحث العلمي من أجل ضمان الجودة، والرفع من أداء مؤسساتها وتحسين مردوديتها مع مراعاة الاختصاصات والصلاحيات المسندة إلى القطاعات والمؤسسات الأخرى في هذا المجال.
ولهذه الغاية، تضطلع الوكالة بما يلي:
- تقييم العرض التكويني بمؤسسات التعليم العالي بجميع أصنافها؛
- تقييم البحث العلمي وفعالية بنياته؛
- تقييم برامج ومشاريع التعاون الجامعي في ميدان التكوين والبحث العلمي؛
- تقييم مؤسساتي يشمل مؤسسات التعليم العالي بجميع أصنافها.
تتولى الوكالة، بطلب من السلطة الحكومية المكلفة بالتعليم العالي، إبداء الرأي فيما يلي:
- طلبات اعتراف الدولة بمؤسسات التعليم العالي الخاص، أو تجديده؛
- طلبات معادلة شهادات التعليم العالي الأجنبية وفق الشروط والكيفيات المحددة بنص تنظيمي؛
- طلبات اعتماد مسالك التكوين أو تجديدها أو تعديلها؛
- التقارير السنوية لتتبع اعتراف الدولة بمؤسسات التعليم العالي الخاص؛
علاوة على المهام المشار إليها أعلاه، يمكن للوكالة القيام بمهام أخرى إما بطلب من السلطة الحكومية المكلفة بالتعليم العالي في إطار الاختصاصات المسندة إليها بعد موافقة مجلس الإدارة، وإما بطلب من مجلس إدارة الوكالة .
تعد الوكالة تقريرا سنويا يتضمن حصيلة أنشطة السنة والتوصيات المتعلقة بتحسين جودة المؤسسات موضوع التقييم وتعرضه على الوزارة الوصية.
تنشر الوكالة تقارير التقييم المؤسساتي والتقارير السنوية الصادرة عنها. كما تبعث إلى الجامعات ومؤسسات التعليم العالي والبحث العلمي بالتقارير المتعلقة بالتقييمات المنجزة لفائدتها، وذلك قصد عرضها على مجالسها. علاوة على المهام المنوطة بها أعلاه، يجوز للوكالة، في حدود اختصاصاتها، أن تقوم في إطار اتفاقيات التعاون المبرمة من طرف المملكة المغربية بأعمال تقييم مؤسسات التكوين والبحث العلمي الأجنبية.
كما يمكنها بترخيص من السلطة الحكومية الوصية أن تقوم، في حدود اختصاصاتها، بأعمال تقييم مؤسسات التكوين والبحث العلمي الأجنبية بطلب منها، وذلك في إطار اتفاقيات تبرمها لهذا الغرض.